コストと他のアウトカムとの間にはいくつかの違いがある。
- 誰がコストを負担し、誰が利益を享受するのかが最も重要である。
- 意思決定において、コストがどの程度の影響力を持つかは、誰がコストを負担するかにより異なる。
- コストは、行政管轄区域や時間によって大きく変動する。
- どの予算枠で機会費用を検討するかは、専門家により意見が分かれる。
- 資源の配分は、他のアウトカムに比べて政治的な問題となることが多い。
上記の違いはあるが、コスト（資源の利用）へのアプローチは、他のアウトカムへのアプローチと似ている。
- ガイドラインパネルが検討する必要があるのは、資源に関わる重要な影響のみである。
- 意思決定者は、治療群と対照群の違いを示す推定値を必要とする。
- ガイドラインパネルは、資源の増分利用に関わるエビデンスの質について明示的な判断を下す必要がある。
コストとその他のアウトカムの違い
1. 誰がコストを負担し、誰が利益を享受するのかが最も重要である。
コスト以外のほとんどのアウトカムについては、利益を獲得し不利益を受け入れるのは患者と患者家族であることは明らかである（すべてのアウトカムがそうとはかぎらない。たとえば、予防接種によってコミュニティ全体が集団効果による利益を享受したり、抗菌薬の広範囲使用により、薬剤耐性の下流効果としての有害帰結が発生する可能性がある）。医療コストは、多くの場合、社会全体の負担となる。１つの社会の中でも、患者の年齢や状況によって、誰がコストを負担するかが変わってくることがある。
2. 意思決定において、コストがどの程度の影響力を持つかは、誰がコストを負担するかにより異なる。
コストの負担者が政府または第三者支払機関ならば、「医師が患者に対して責任を持つからには、コストによって医師の意思決定が左右されることがあってはならない」と主張する人がいるかもしれない。その一方で、患者を治療するときの臨床医の責任はより幅広い状況を鑑みて果たされるものである。すなわち、ある介入のために使われる資源は、他の用途に使われることができないため、医療システムサービスの利用者のニーズに最大限対応できなくなる可能性がある。
3. コストは、行政管轄区域全般または管轄内、および時間によって大きく変動する。
薬剤のコストは、薬剤の生産コストとはほとんど無関係で、むしろ、マーケティング判断や国策が大きく関わっている。たとえば、病院や健康保険機関は、製薬会社と特別な取り決めを行うことによって、患者や他の提供者が支払っているよりもかなり低い価格で交渉することがある。資源の利用が変わらなくても、資源の影響力は管轄区域にわたって大きく異なると考えられる。さらに、コストは経時的にも大きく変動する（例、薬剤の特許が切れる場合、安価な新技術が導入される場合）。コストは時間や管轄によって大きく変動するため、ガイドラインパネルは、コストについて検討するときは、ヘルスケアクエスチョンをできるかぎり明確に定式化する必要がある。経済分析においては、比較対照の選択が特に問題である。もし比較対照の選択が不適切ならば（たとえば、効果の低い代替的介入ではなく、無治療を選択する） 、誤解を招く結論が導かれることがある。資源の利用が変わらなくても、資源の影響力は管轄区域にわたって大きく異なると考えられる。
非常に高価な薬剤を１年間投与することは、米国の看護師１人の給与、ポーランドの看護師６人の給与、中国の看護師３０人の給与に相当する。このように、ある薬剤の購入を見送ったことで節約された資源によって何を購入できるか（いわゆる、「機会費用」）、そしてその支出によって達成される健康上の利益は、管轄により大きくばらつくものである。
4. どの予算枠で機会費用を検討するは、専門家により意見が分かれる。
予算が限られている病院薬剤部において、高価な新薬の購入を検討することは、それによって他の医薬品が購入できなくなることを意味していることは明確である。多くの人々は、予算枠を、公衆衛生支出として捉えている傾向があり、新薬またはプログラムへの資金投入はその他の公衆衛生支出のための資源を圧迫するだろうと考えている。しかし、実際には、その購入を控えることが必ずしも本当に医療システムにとって同等の資源が利用可能になることを意味するとは限らない。さらに、公共ヘルスケアが正しい予算枠を使って行われているかどうか疑問に思うかもしれない。
5. 資源の配分は、他のアウトカムに比べて政治的な問題となることが多い。
ガイドラインパネルが資源配分の問題について明示的に検討していてもいなくても、こういった政治的な問題は、利益相反を通してガイドラインパネルの機能に影響を与えると考えられる。